Su despegue, no sus tremendas cualidades futbolísticas, se lo debe fundamentalmente a Pep Guardiola. Tras ser compañeros de viaje en el ascenso de categoría del Barcelona Atletic, el de Santpedor apostó por él desde el principio en su nueva andadura al frente del primer equipo. La nueva era de Guardiola arrancó con derrota en Soria y un empate en casa ante el Rácing, partido en el que debutó Busquets; se avecinaba tormenta, pero Guardiola no se amainó y volvió a confiar a Sergio la condición de mediocentro titular. Ese día el equipo apalizó al Sporting en El Molinón y comenzaba así el ciclo de rotundos éxitos del Barcelona actual.
En su primera temporada Busquets comenzó compartiendo el puesto con Yayá Touré, pero debido a la progresión de Sergio y a las numerosas bajas en defensa, el de Badía se fue postulando como el mediocentro indiscutible del equipo, relegando al marfileño al eje de la defensa. En la siguiente campaña la evolución de Busi era imparable y los minutos de Touré se fueron reduciendo hasta el punto que Pep decidió adaptarlo al puesto de interior. Finalmente el jugador africano decidió abandonar la disciplina del club al finalizar la temporada. Busquets había relegado a la suplencia a uno de los jugadores más indiscutibles de la plantilla.
Defensivamente Busquets es un baluarte, además de muy dinámico, y aunque no es especialmete corpulento no se arruga nunca en el choque y protege el balón a la perfección, robárselo es una misión casi imposible.
Sergio es una especie de réplica defensiva de Xavi. Ambos dominan (casi perfeccionan) el juego de posición, su fútbol cobra sentido a partir de la posesión de balón, especialmente cuando el equipo juega rápido y junto, y su mayor virtud consiste en hacer de las acciones complejas las más sencillas ; por otro lado ambos sufren sobremanera cuando el partido "se rompe" y entra en una guerra de fuegos cruzados.
El Barcelona lleva años mostrando al mundo que no es necesario aglutinar defensas para defender bien. La idea comenzó, más bien renació, con Cocú en el mediocentro defensivo, continúo con Motta, Márquez, Edmilson y Touré, y con Sergio Busquets ha sublimado. Con este ejemplo se ha demostrado que el doble pivote no es más que una moda de carácter conservador, Busquets es el manual de instrucciones que sujeta y afianza la teoría.